Mohamad Sabu merupakan salah seorang daripada pemimpin PAS yang telah dua kali ditahan di bawah akta ISA semasa beliau menjadi aktivis Dewan Pemuda PAS Pusat. Penahanan pertama berlaku pada tahun 1984 sehingga 1986 di atas tuduhan terlibat dalam gerakan pelampau. Selepas menghadapi penderaan siasatan selama 60 hari, beliau telah dibuang daerah ke Kuala Pilah, Negeri Sembilan dengan pergerakan terhad selama dua tahun.

Penahanan kali kedua berlaku pada tahun 1987 sehingga tahun 1989. Beliau ditahan bersama ramai anggota pembangkang dari PAS dan DAP di bawah Operasi Lalang.[4] Semasa dalam tahanan beliau berkenalan dengan YAB Lim Guan Eng kini menjadi Ketua Menteri Pulau Pinang. Bagi Mohamad Sabu ketegangan itu berpunca dari memarakkan api perkauman di antara MCA yang melibatkan Tan Sri Lee Kim Sai dan Pemuda UMNO yang melibatkan Datuk Seri Najib Razak kini adalah bekas Perdana Menteri Malaysia, Tan Sri Muhammad Muhd Taib, Menteri Besar Selangor ketika itu berhubung isu tuntutan Timbalan Perdana Menteri Malaysia yang dimainkan oleh MCA.

BERSIH

Perhimpunan BERSIH yang berlangsung pada 10 November 2007, beliau merupakan Pengerusi Gerakan Mobilisasi dan Demokrasi dan Pengerusi Gabungan Pilihan Raya Adil dan BERSIH.

Pilihanraya umum Malaysia 2008

Pada Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 beliau telah kalah kepada calon Barisan Nasional di kerusi Parlimen Kuala Terengganu, Terengganu.